Ban Quản lý Cảng Bến Đầm, huyện Côn Đảo hiện đang quản lý, khai thác: Cảng Bến Đầm, Cảng Tàu khách Côn Đảo và Cảng tránh trú bão Côn Đảo. Đây là những cửa ngõ chính ra vào bằng đường thủy tại huyện đảo.
Cùng với xu hướng xanh hóa cảng biển nhằm cân bằng giữa sự phát triển kinh tế đi đôi với bảo vệ môi trường tại Việt Nam, thời gian qua, Ban Quản lý Cảng Bến Đầm đã có nhiều nỗ lực trong việc xây dựng cảng biển xanh, thân thiện với du khách vì mục tiêu phát triển bền vững.