Sông Vàm Cỏ Đông chảy qua địa bàn tỉnh Tây Ninh có thủy trình hơn 105 km, không chỉ mang nguồn nước phục vụ sản xuất, sinh hoạt, nông nghiệp mà còn có giá trị chiến lược trong phát triển kinh tế vùng. Theo ngành chức năng của tỉnh Tây Ninh, gần đây sông Vàm Cỏ Đông bị ô nhiễm cục bộ, việc truy tìm nguyên nhân gây ô nhiễm là yêu cầu cấp thiết trong bảo vệ tài nguyên nước.