Từ đầu tháng 2/2025, cảng Gemalink đã chính thức áp dụng khung giá mới cho dịch vụ bốc dỡ container theo quy định của Thông tư 12/2024 và Quyết định 810 của Bộ GT-VT, với mức tăng khoảng 10% so với trước đây. Các mức giá mới được niêm yết là 66 USD/container 20 feet, 97 USD/container 40 feet và 108 USD/container 45 feet có hàng. Tuy nhiên, mức giá này vẫn còn thấp hơn so với mức giá trung bình tại các cảng biển quốc tế.